Glukoneogenesis dan glikolisis berkongsi satu siri enam tindak balas boleh balik. Dalam glukoneogenesis, gliseraldehid-3-fosfat diturunkan menjadi fruktosa 1,6-bifosfat dengan aldolase. Dalam glikolisis, fruktosa 1,6-bifosfat dibelah menjadi gliseraldehid-3-fosfat dan fosfat dihidroksiaseton melalui penggunaan aldolase. Aldolase yang digunakan dalam glukoneogenesis dan glikolisis ialah protein sitoplasma.

Tiga bentuk protein kelas I terdapat dalam vertebrata . Aldolase A lebih cenderung hadir dalam otot dan otak; aldolase B dalam hati, buah pinggang dan enterosit; dan aldolase C dalam otak. Aldolase A dan C terlibat terutamanya dalam glikolisis, manakala aldolase B terlibat dalam kedua-dua glikolisis dan glukoneogenesis.[5] Sesetengah kecacatan dalam aldolase B menyebabkan intoleransi fruktosa keturunan. Metabolisme fruktosa bebas dalam hati mengeksploitasi keupayaan aldolase B untuk menggunakan fruktosa 1-fosfat sebagai substrat.[6] Fruktosa-bifosfat aldolase/fosfatase arkea mungkin terlibat dalam glukoneogenesis kerana produknya ialah fruktosa 6-fosfat.[7]